Qua thảo luận, Ủy ban Thường vụ Quốc hội tán thành với quy định về tổ chức hệ thống cơ quan chuyên ngành bảo vệ và kiểm dịch thực vật. Theo đó, hệ thống cơ quan chuyên ngành về bảo vệ và kiểm dịch thực vật đã được quy định trong Pháp lệnh bảo vệ và kiểm dịch thực vật từ năm 1993. Đến nay, hệ thống này đã được hình thành ổn định từ Trung ương tới cấp huyện. Theo đó, ở Trung ương là Cục Bảo vệ thực vật; cấp tỉnh là Chi cục bảo vệ thực vật, cấp huyện là các trạm bảo vệ thực vật. Đồng thời, theo vùng sinh thái đã hình thành được 9 chi cục kiểm dịch thực vật vùng và 4 trung tâm bảo vệ thực vật trực thuộc Cục bảo vệ thực vật. Tuy nhiên, với diện tích cây trồng tăng mạnh, gấp hơn 6 lần so với năm 1993; diễn biến dịch bệnh ngày càng phức tạp; lượng hàng hóa thuộc diện kiểm dịch thực vật xuất khẩu, nhập khẩu ngày càng lớn thì tổ chức hệ thống cơ quan này cần được kiện toàn, đặc biệt ở cấp huyện, xã để đáp ứng nhu cầu sản xuất. Điều 9 dự thảo Luật mới đã quy định theo hướng: Hệ thống cơ quan bảo vệ và kiểm dịch thực vật được tổ chức từ Trung ương đến địa phương, đồng thời giao cho Chính phủ quy định cụ thể về tổ chức hệ thống cơ quan này trên cơ sở rà soát, điều chỉnh hợp lý hệ thống tổ chức hiện có cho phù hợp với tình hình thực tế và đáp ứng yêu cầu quản lý Nhà nước về bảo vệ và kiểm dịch thực vật.
Thảo luận về kinh phí chống dịch (Điều 21), nhiều ý kiến tán thành với lập luận của Thường trực Ủy ban Khoa học, Công nghệ và Môi trường cho rằng: Phòng, chống dịch là trách nhiệm của chủ thực vật. Tuy nhiên, trong điều kiện sản xuất nông nghiệp của nước ta còn ở quy mô nhỏ, thu nhập từ sản xuất nông nghiệp chưa cao nên nguồn kinh phí dự phòng cho chống dịch trong nhân dân còn hạn chế. Khi dịch bệnh xảy ra, để đáp ứng yêu cầu chống dịch phải khẩn trương, kịp thời thì Nhà nước phải có vai trò chủ đạo, đặc biệt trong việc hỗ trợ nguồn tài chính và tổ chức thực hiện chống dịch. Việc huy động, sử dụng ngân sách Nhà nước cho hoạt động này từ nguồn nào, mức độ đến đâu, sử dụng cho các hoạt động nào phải căn cứ theo quy định của pháp luật về ngân sách Nhà nước. Do vậy, Điều 21 của dự thảo Luật mới đã được chỉnh sửa theo hướng: Quy định rõ các nguồn kinh phí cho chống dịch gồm kinh phí của chủ thực vật, ngân sách Nhà nước, đóng góp, tài trợ của các tổ chức, cá nhân và các nguồn hợp pháp khác (khoản 1); quy định các hoạt động chống dịch được sử dụng từ nguồn dự phòng ngân sách Nhà nước (khoản 2); giao Chính phủ quy định cụ thể việc thực hiện điều này (khoản 3) để bảo đảm hiệu quả chống dịch và thống nhất với quy định của pháp luật về ngân sách Nhà nước.
Về trách nhiệm quản lý Nhà nước về bảo vệ và kiểm dịch thực vật, một số ý kiến đề nghị dự án luật cần làm rõ trách nhiệm của Bộ chuyên ngành - Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các Bộ, ngành có liên quan; xác định rõ trách nhiệm của cấp tỉnh, huyện, xã và phân cấp mạnh hơn cho các cấp chính quyền, các giới phù hợp với điều kiện quản lý và chủ động trong công tác chỉ đạo, điều hành.
Nhiều ý kiến tán thành với quy định về sử dụng thuốc bảo vệ thực vật. Theo đó, thuốc bảo vệ thực vật là vật tư nông nghiệp nhưng cũng là hóa chất độc hại nên phải được quản lý, kiểm soát chặt chẽ và chỉ được sử dụng thuốc có trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật được phép sử dụng tại Việt Nam. Hiện tại, trong điều kiện diễn biến tình hình dịch bệnh thực vật rất khó lường thì việc sử dụng một số loại thuốc nhập khẩu chưa có trong Danh mục thuốc để sử dụng trong một số trường hợp đặc biệt là cần thiết. Tuy nhiên, cần kiểm soát chặt chẽ hoạt động này để tránh bị lợi dụng gây hậu quả xấu cho sức khỏe con người và môi trường. Tiếp thu ý kiến các vị đại biểu Quốc hội, các nội dung quy định nói trên đã được chuyển sang Điều 67 dự thảo Luật mới quy định về các trường hợp, điều kiện được phép nhập khẩu thuốc bảo vệ thực vật chưa có trong Danh mục được phép sử dụng ở Việt Nam để sử dụng trong trường hợp đặc biệt theo quyết định của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (điểm d, khoản 2 Điều 67); đồng thời bổ sung quy định về nguyên tắc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật nhập khẩu chưa có trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật được phép sử dụng ở Việt Nam, thì chỉ được sử dụng theo đúng mục đích ghi trong giấy phép (khoản 4 Điều 48)....
Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã thảo luận, cho ý kiến cụ thể về các nội dung khác trong dự thảo như: Tiêu hủy thuốc bảo vệ thực vật (Điều 74); thu gom và xử lý bao gói thuốc bảo vệ thực vật sau sử dụng... Theo Chương trình, sáng 15/8, Ủy ban Thường vụ Quốc hội sẽ cho ý kiến về dự án Luật Hải quan (sửa đổi).
Theo Bộ Tài nguyên & Môi trường