- Ngày 06/9/1992, UBND tỉnh ban hành Quyết định số 52/QĐ-UB về việc thành lập Sở Quản lý Ruộng đất thuộc UBND tỉnh (trên cơ sở nhập Ban Quản lý đất Nông - Lâm thuộc Sở Nông lâm nghiệp với Bộ phận HTX thuộc Sở Nông lâm nghiệp và bộ phận Cải tạo thuộc Văn phòng Tỉnh ủy) làm nhiệm vụ quản lý ruộng đất trên địa bàn tỉnh.
- Tháng 4/1993, UBND tỉnh quyết định đổi tên “Sở Quản lý Ruộng đất” thành “Sở Địa Chính” cho phù hợp với tổ chức của Nhà nước ta từ Trung ương đến địa phương (cũng đảm bảo đủ 3 cấp xã, huyện và tỉnh). Sở Địa chính là cơ quan chuyên môn giúp UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về đất đai và đo đạc - bản đồ ở địa phương và chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra của Tổng cục Địa chính về chuyên môn, nghiệp vụ.
- Ngày 02/4/2003, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 45/2003/QĐ-TTg về việc thành lập Sở Tài nguyên và môi trường thuộc UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Thực hiện Thông tư liên tịch số 01/2003/TTLT-BTNMT-BNV ngày 15/72003 của Bộ Tài nguyên và môi trường và Bộ Nội vụ, hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức của cơ quan chuyên môn giúp UBND tỉnh quản lý Nhà nước về tài nguyên và môi trường ở địa phương.
- Ngày 09/7/2003, UBND tỉnh ban hành Quyết định số 99/2003/QĐ-UB đổi tên từ “Sở Địa Chính” thành “Sở Tài nguyên và Môi trường”, đây cũng là một tổ chức được sáp nhập Sở Địa chính với bộ phận khoáng sản thuộc Sở Công nghiệp, Bộ phận Môi trường của Sở Khoa học công nghệ và Môi trường. Cơ cấu tổ chức thuộc Sở theo Quyết định số 109/QĐ-UB ngày 26/12/2003 gồm: Văn phòng; Thanh tra; Phòng Quản lý tài nguyên; Phòng Quản lý môi trường; Phòng Đăng ký thống kê; Phòng Quy hoạch đo đạc bản đồ; Trung tâm Công nghệ thông tin; Văn phòng Đăng ký QSDĐ; Trung tâm phát triển quỹ đất.
- Ngày 10/3/2009, UBND tỉnh ban hành Quyết định số 15/2009/QĐ-UBND về ban hành Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Tài nguyên và Môi trường. Cơ cấu tổ chức thuộc Sở gồm:
+ Các phòng chuyên môn nghiệp vụ thuộc Sở: Văn phòng; Thanh tra; Phòng Quản lý tài nguyên.
+ Chi cục trực thuộc Sở: Chi cục bảo vệ môi trường; Chi cục quản lý đất đai.
+ Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở: Trung tâm Thông tin Tài nguyên và Môi trường; Văn phòng đăng ký QSDĐ; Trung tâm Quản lý và phát triển quỹ đất.
- Ngày 09/3/2012, UBND tỉnh ban hành Quyết định số 16/2012/QĐ-UBND về ban hành Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Tài nguyên và Môi trường. Cơ cấu tổ chức thuộc Sở gồm:
+ Các tổ chức hành chính: Văn phòng; Thanh tra; Phòng Quản lý tài nguyên; Phòng Kinh tế đất; Phòng Kế hoạch - tài chính.
+ Chi cục thuộc Sở: Chi của Bảo vệ môi trường; Chi cục Quản lý đất đai.
+ Các đơn vị sự nghiệp: Trung tâm Công nghệ thông tin; Văn phòng Đăng ký QSDĐ; Trung tâm phát triển quỹ đất; Trung tâm Quan trắc môi trường.
- Ngày 10/9/2015, UBND tỉnh ban hành Quyết định số 45/2015/QĐ-UBND về ban hành Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Tài nguyên và Môi trường. Cơ cấu tổ chức thuộc Sở gồm:
+ Các phòng, đơn vị chuyên môn nghiệp vụ thuộc Sở: Văn phòng; Thanh tra; Phòng Kế hoạch - Tài chính; Phòng Quản lý tài nguyên nước và khoáng sản; Phòng Đo đạc, Bản đồ và Viễn thám; Phòng Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu (tuy nhiên thực tế Phòng Đo đạc, Bản đồ và Viễn thám; Phòng Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu chưa có).
+ Các cơ quan trực thuộc Sở: Chi cục Bảo vệ môi trường; Chi cục Quản lý đất đai.
+ Các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở: Trung tâm Công nghệ thông tin tài nguyên và môi trường; Trung tâm Phát triển quỹ đất; Trung tâm Quan trắc tài nguyên và môi trường; Văn phòng Đăng ký đất đai.
- Ngày 02/5/2019, UBND tỉnh ban hành Quyết định số 17/2019/QĐ-UBND về việc sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 3 Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Tây Ninh ban hành kèm theo Quyết định số 45/2015/QĐ-UBND. Cơ cấu tổ chức thuộc Sở gồm:
+ Các phòng, đơn vị chuyên môn nghiệp vụ thuộc Sở: Văn phòng; Thanh tra; Phòng Kế hoạch - Tài chính; Phòng Quản lý tài nguyên nước và khoáng sản; Phòng Quản lý đất đai; Phòng Bảo vệ môi trường.
+ Các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở: Văn phòng Đăng ký đất đai; Trung tâm Phát triển quỹ đất; Trung tâm Quan trắc tài nguyên và môi trường.
- Ngày 29/11/2021, UBND tỉnh ban hành Quyết định số 26/2021/QĐ-UBND về việc ban hành Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Tây Ninh. Cơ cấu tổ chức thuộc Sở gồm:
+ Các phòng, đơn vị chuyên môn nghiệp vụ thuộc Sở: Văn phòng; Thanh tra; Phòng Kế hoạch - Tài chính; Phòng Quản lý tài nguyên nước và khoáng sản; Phòng Quản lý đất đai; Phòng Bảo vệ môi trường.
+ Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở: Văn phòng Đăng ký đất đai; Trung tâm Phát triển quỹ đất; Trung tâm Quan trắc tài nguyên và môi trường.
Đến nay Sở Tài nguyên và Môi trường đã không ngừng trưởng thành và phát triển cả về chức năng nhiệm vụ và tổ chức bộ máy. Sở Tài nguyên và Môi trường là Sở quản lý đa ngành về lĩnh vực tài nguyên và môi trường, thưc hiện chức năng tham mưu UBND tỉnh quản lý nhà nước và thực hiện các dịch vụ công về các lĩnh vực: tài nguyên đất đai, đo đạc bản đồ - viễn thám, tài nguyên khoáng sản - địa chất, tài nguyên nước, khí tượng thủy văn và biến đổi khí hậu, môi trường.
Sở Tài nguyên và Môi trường có nhiệm vụ: (1)Trình UBND tỉnh: Dự thảo văn bản quy phạm pháp luật và các văn bản khác về tài nguyên và môi trường thuộc phạm vi, thẩm quyền ban hành của UBND tỉnh; Dự thảo kế hoạch dài hạn, 05 năm, hàng năm, các chương trình, đề án, dự án, biện pháp tổ chức thực hiện các nhiệm vụ về tài nguyên và môi trường thuộc thẩm quyền quyết định của UBND tỉnh; Dự thảo quyết định việc phân cấp, ủy quyền thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về tài nguyên và môi trường đối với Sở Tài nguyên và Môi trường và UBND huyện, thị xã, thành; Dự thảo quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Tài nguyên và Môi trường; dự thảo quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường; Dự thảo quyết định thực hiện xã hội hóa các hoạt động cung ứng dịch vụ sự nghiệp công về tài nguyên và môi trường thuộc thẩm quyền của UBND tỉnh và theo phân cấp của cơ quan nhà nước cấp trên. (2) Trình Chủ tịch UBND tỉnh dự thảo quyết định, chỉ thị và các văn bản khác về tài nguyên và môi trường thuộc thẩm quyền ban hành của Chủ tịch UBND tỉnh. (3) Tổ chức thực hiện các văn bản pháp luật, quy hoạch, kế hoạch, chương trình, đề án, dự án về tài nguyên và môi trường sau khi được phê duyệt; tuyên truyền, phổ biến, giáo dục, theo dõi thi hành pháp luật về tài nguyên và môi trường. (4) Quản lý, tổ chức giám định, đăng ký, cấp giấy phép, văn bằng chứng chỉ trong phạm vi chức năng, nhiệm vụ quyền hạn được giao hoặc ủy quyền của UBND tỉnh, Chủ tịch UBND tỉnh. (5) Đất đai. (6) Tài nguyên nước. (7) Tài nguyên khoáng sản. (8) Môi trường. (9) Khí tượng thủy văn. (10) Biến đổi khí hậu. (11) Đo đạc và bản đồ. (12) Viễn thám. (13) Ứng dụng CNTT và chuyển đổi số tài nguyên và môi trường. (14) Giúp UBND tỉnh xây dựng, tổ chức thực hiện kế hoạch bồi dưỡng nghiệp vụ về tài nguyên và môi trường đối với công chức Phòng Tài nguyên và Môi trường thuộc UBND cấp huyện, công chức chuyên môn về tài nguyên và môi trường thuộc UBND cấp xã và các tổ chức, cá nhân có liên quan theo quy định pháp luật. (15) Tổ chức nghiên cứu, ứng dụng khoa học và công nghệ; thực hiện hợp tác quốc tế về tài nguyên và môi trường theo quy định của pháp luật và theo phân công hoặc ủy quyền của Chủ tịch UBND tỉnh. (16) Hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường theo quy định của pháp luật. (17) Kiểm tra, thanh tra và xử lý các vi phạm đối với các cơ quan, tổ chức, cá nhân trong việc thi hành pháp luật thuộc phạm vi quản lý của Sở Tài nguyên và Môi trường; tiếp công dân; giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng, chống tham nhũng theo quy định của pháp luật và theo phân cấp, ủy quyền của Chủ tịch UBND tỉnh. (18) Giúp UBND tỉnh quản lý các hội, tổ chức phi chính phủ hoạt động trong lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Sở Tài nguyên và Môi trường theo quy định của pháp luật. (19) Quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, mối quan hệ công tác của các phòng chuyên môn, Văn phòng, Thanh tra thuộc Sở; quản lý về tổ chức bộ máy, vị trí việc làm, biên chế công chức, cơ cấu ngạch công chức trong các tổ chức hành chính thuộc Sở; vị trí việc làm, cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp và số lượng người làm việc trong các đơn vị sự nghiệp thuộc Sở; thực hiện bổ nhiệm, chế độ tiền lương và chính sách, chế độ đãi ngộ, đào tạo, bồi dưỡng, khen thưởng, kỷ luật đối với công chức, viên chức và người lao động thuộc phạm vi quản lý của Sở theo quy định của pháp luật và theo phân công hoặc ủy quyền của Chủ tịch UBND tỉnh. (20) Quản lý và chịu trách nhiệm về tài sản, tài chính được giao theo quy định của pháp luật và theo phân công, phân cấp hoặc ủy quyền của Chủ tịch UBND tỉnh. (21) Thực hiện công tác thông tin, thống kê, tổng hợp, báo cáo định kỳ và đột xuất về tình hình thực hiện nhiệm vụ trong các lĩnh vực công tác được giao với UBND tỉnh và Bộ Tài nguyên và Môi trường. (22) Thực hiện các nhiệm vụ khác theo quy định của pháp luật và phân công, phân cấp của UBND tỉnh, Chủ tịch UBND tỉnh và cơ quan nhà nước cấp trên.
Tổ chức bộ máy gồm 6 phòng, đơn vị chuyên môn nghiệp vụ thuộc Sở: Văn phòng; Thanh tra; Phòng Kế hoạch - Tài chính; Phòng Quản lý tài nguyên nước và khoáng sản; Phòng Quản lý đất đai; Phòng Bảo vệ môi trường và 3 đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở: Văn phòng Đăng ký đất đai; Trung tâm Phát triển quỹ đất; Trung tâm Quan trắc tài nguyên và môi trường, tổng số 448 cán bộ, công chức, viên chức và người lao động. Cơ sở vật chất, trang thiết bị của Sở và các đơn vị trực thuộc được đầu tư khá đầy đủ, đồng bộ và phù hợp, đảm bảo đáp ứng yêu cầu thực hiện nhiệm vụ của từng cán bộ, công chức, viên chức. Trình độ chuyên môn và lý luận chính trị của cán bộ, công chức, viên chức không ngừng được nâng lên, đáp ứng yêu cầu công tác.
Tổ chức đảng và đoàn thể luôn được quan tâm và phát triển. Đảng bộ Sở Tài nguyên và Môi trường có 93 đảng viên, đang sinh hoạt tại 5 Chi bộ trực thuộc; các tổ chức đoàn thể: Công đoàn và Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh của Sở hoạt động tích cực, góp phần xây dựng cơ quan, đảng bộ nhiều năm liền hoàn thành tốt nhiệm vụ trở lên.